행정부의 장은 국무총리다.

헌법 제66조 제1항은 “대통령은 국가의 원수이며, 외국에 대하여 국가를 대표한다”고 규정하고, 제4항은 “행정권은 대통령을 수반으로 하는 정부에 속한다”고 규정한다. 따라서 대통령은 국가원수이면서 동시에 행정부의 수반이다.

헌법 제86조 제2항은 “국무총리는 대통령을 보좌하며, 행정에 관하여 대통령의 명을 받아 행정각부를 통할한다”고 규정한다. 국무총리는 행정각부를 통할하지만, “대통령의 명을 받아” 직무를 수행하는 기관이지, 행정부의 수반은 아니다.

한편, 헌법은 입법권은 국회에(제40조), 행정권은 대통령을 수반으로 하는 정부에(제66조 제4항), 사법권은 법관으로 구성된 법원에(제101조 제1항) 속한다고 규정한다. 이는 국가권력을 입법부·행정부·사법부에 분립하여 상호 견제와 균형을 이루도록 하는 권력분립 원칙을 구체화한 것이다.

헌법 제86조에 따르면 국무총리는 국회의 동의를 얻어 대통령이 임명하며, 대통령을 보좌하고 대통령의 명을 받아 행정각부를 통할한다. 또한 국무총리는 국무위원과 행정각부의 장에 대한 제청권(헌법 제87조 제1항, 제94조)과 대통령의 국법상 행위에 관한 문서에 부서할 권한(헌법 제82조)을 가진다.

또한 국무총리는 대통령이 궐위되거나 사고로 인하여 직무를 수행할 수 없을 때 대통령의 권한을 대행한다(헌법 제71조).

헌법재판소는 국무총리의 권한이 대통령에 대한 일정한 견제 기능을 수행할 수 있다고 인정하면서도, 국무총리는 단지 대통령의 첫째가는 보좌기관으로서 행정에 관하여 독자적인 권한을 가지지 못하고 대통령의 명을 받아 행정각부를 통할하는 기관으로서의 지위만을 가진다고 판단하였다(헌재 2025. 3. 24. 2024헌나9).